戦艦や駆逐艦など艦種の特徴を簡単に記載しておきます。
ちなみに以前に主力一覧の方で記載していたものを移動させて少し補足したものになります。

●戦艦(高速戦艦/低速戦艦)
戦艦は火力が高く主に砲撃戦で大ダメージを稼ぎやすいです。
雷撃戦では攻撃できませんが、耐久(HP)や装甲も高いので心強いです。また、味方もしくは敵に戦艦がいると、砲撃戦の時に敵味方ともに2巡攻撃となるので、相手を殲滅しやすくなります(逆に被弾が多くなる可能性もあります)。
砲撃戦では艦攻を積んだ正規空母並みの火力で、砲撃戦では中破しても攻撃でき、もちろん夜戦でも大破していなければ攻撃できるので、そういう点では他の艦よりも優秀。
また、射程距離が長く、1巡目の攻撃で先手を取りやすいため、相手の攻撃を受ける前に1撃を与えることができます。ただし、大量の燃料と弾薬を消費するので使いすぎには注意が必要。
長門型や大和型の低速戦艦と金剛型の高速戦艦を比較すると、全体的に低速戦艦の方が能力値は高いです。金剛型は徹甲弾が積めない等の欠点もあるので、今のところ高速の明確なメリットがこない限りは低速戦艦の方が強いです。燃費は高速戦艦の方が少ないので火力が有り余るような海域では高速戦艦の方が使い勝手がよいです。
いずれも潜水艦には無力なので、潜水艦の出る海域では味方の雷巡や軽巡辺りに任せましょう。

●航空戦艦(航戦)
航空戦艦は戦艦と軽空母を併せ持ったような感じです。
戦艦と同じく、航戦がいると砲撃戦の時に敵味方ともに2巡攻撃となります。
火力は純粋な戦艦比べると劣りますが、燃費は低速戦艦よりも幾分か良いです。艦載機は水上機系しか装備できませんが、瑞雲や試製晴嵐を装備しておくと開幕爆撃もしてくれます。"中破しても砲撃戦で動ける軽空母"と考えるといいかもしれません。ただし、ボーキサイト含めて資源消費は多めなので、運用の際は資源残量に注意。
レベリングの際の戦艦枠及び開幕攻撃要員として一部の方に重宝されているようです。
戦艦と同じく潜水艦には無力なので注意。 →12/24のアップデートにより水上機を装備した航戦は潜水艦へ優先して攻撃するようになりました。純粋な戦艦との大きな違いとなりますが、潜水艦がいると他の艦を攻撃できないということにもなるのでどちらがいいかは戦略によって変わって来るかなと思います。雷巡や軽空母などが入れにくい海域で潜水艦オンリーの相手に敗北しないようにしたい場合には利用できるかもしれませんね。

●正規空母(空母)・軽空母(軽母)・装甲空母(装母)
正規空母・軽空母・装甲空母は基本的に艦載機を使って攻撃します。
艦攻系→制空権を制していると、艦爆よりも強い先制爆撃ができる。
艦戦系→制空権争いで敵機に攻撃する。(味方の艦攻/艦爆を守る)
艦爆系→敵機銃をすり抜けて、先制爆撃する。
偵察機系→丁字に関係する。彩雲は丁字不利を回避できる効果が付く。
艦攻・艦爆を装備していると開幕の航空戦で先制攻撃をしてくれます。また、敵空母がいると此方の艦載機が落とされやすくなるので、艦戦を積んで対抗すると被害が減ります。
なお、艦戦系・偵察機系の装備だけだと攻撃に参加しなくなります。また、雷撃戦や夜戦では攻撃に参加できません。また、正規空母・軽空母は中破以上になると砲撃戦でも攻撃できなくなるのでどちらかというと短期戦向けです。
正規空母耐久・装甲も高く、元の艦載機量も多いので、戦闘数が多かったり強敵揃いの海域では此方の方が安定しそうです。
軽空母比較的燃費も良く、入渠費も安めなので、レベリングや難易度の低い海域を周回するには使い勝手は良いです。また、軽空母に限り、敵潜水艦がいる場合は優先して攻撃するようになります。
装甲空母は正規空母よる高性能で、中破以上になっても攻撃できるので空母系の中でも特に優秀です。燃費は正規空母よりやや悪いです。12/24現在では大型建造で出る大鳳のみなので入手難易度が高いのが難点です。
いずれにしても空母に頼りすぎると補給時にボーキサイトをどんどん消費していき、気づいたら底を突いていた!なんてこともよくあるので注意したいところ。艦戦を多めに積めばある程度は消費を抑えられます。
味方に潜水艦を入れておくと敵駆逐艦や敵軽巡洋艦等の砲撃を吸い寄せてくれるので運用しやすいかもしれません。→9月初旬現在ではアップデートにより潜水艦の運用が難しくなりました。

●水上機母艦(水母)

水上機母艦は10月17日現在では千歳/千代田の改造前のみしかいないので基本性能はやや低めです。
ただし、瑞雲/試製晴嵐による先制爆撃、甲標的による先制雷撃ができ、砲撃戦はもちろん、雷撃戦でも夜戦でも攻撃できる唯一の艦種だったりします。
とはいえ、今のところスロットが最大で3つしかなく、艦載機量も少なめなので大ダメージは稼げず、メイン艦隊に入ることはほとんどないです。
しかし、一部ルート固定で使われることもあり、レベリングや低難易度海域での周回では使いやすいので余裕があれば育てておいてもいいかもしれません。
なお、千歳甲/千代田甲までが水上機母艦で、千歳航/千代田航まで改造すると軽空母になってしまい、雷撃攻撃(先制雷撃も含む)や夜戦で攻撃できなくなるので、水母のまま使おうと思っている方は間違っても改造しないように。

●重巡洋艦(重巡)
重巡洋艦は戦艦と軽巡洋艦の間の子のような感じです。
火力が高めで雷撃戦でも攻撃でき、戦艦よりも資源燃費は抑えられます。ただし、装備できる砲の性能はそこまで高くないのが難点。悪く言えば中途半端なのかも。
軽巡洋艦と比べると敵潜水艦を攻撃できないですが、逆に言えば潜水艦以外に攻撃できる上に雷撃戦でも攻撃できるので潜水艦を相手にしない戦法(4-4最終や5-3のボス戦等)なら有用か。
9/18のアップデートにより夜戦の火力が上昇。夜戦のカットインやダブルアタックになれば戦艦をはるかに上回る火力が出せるようになりました。今後の夜戦海域では重宝するかもしれません。
10/16のアップデートにより各重巡洋艦の火力と装甲の最大値が上昇。より強化されて重巡の運用もしやすくなったと思われます。また、ここにきて少しずつ強化がきているということは秋イベント等で重要視される可能性が高いので数隻は育成しておくと良いかもしれません。

●航空巡洋艦(航巡)
航空巡洋艦は航空戦艦と似たような感じです。
全体性能は重巡にやや劣る程度で、雷撃戦でも攻撃可能。瑞雲や試製晴嵐を装備すれば開幕爆撃もできます。
此方も重巡と同じく中途半端な感じが否めないですが、今後のアップデートによって更に改造できる可能性が残っているといわれています。それに期待すべきか。
なお、瑞雲/試製晴嵐を装備していて敵艦に潜水艦が居る場合は、優先して潜水艦を攻撃するようになります。夜戦では水上機装備の有無を問わず、潜水艦がいても他艦を攻撃します。
9/25のアップデートにより耐久値(HP)が上昇。以前に比べるとわずかですが運用しやすくなりました。

●軽巡洋艦(軽巡)・駆逐艦(駆逐)
軽巡洋艦と駆逐艦は燃費の良さが売りです。
遠征や任務の遂行など出撃回数を稼がないといけない時には重宝します。戦闘でも夜戦では特に活躍でき、雷撃戦などで戦艦が取りこぼした敵艦の処理にも役に立ちます。回避は高めですが装甲は薄いので、夜戦に入る際は残りHPにも注意が必要です。
なお、相手に潜水艦がいると砲撃戦・夜戦では優先して潜水艦を攻撃するようになります。戦艦などは潜水艦に攻撃できないので、潜水艦対策としても使えます。
特に駆逐艦は遠征やルート固定等で使う機会が多いので、複数育てておいて損はないと思います。

●重雷装巡洋艦(雷巡)
重雷装巡洋艦は雷撃戦や夜戦で本領を発揮しますが、砲撃戦では他と比べるとやや火力が落ちます。それでも改二で近代化回収を済ませておけば軽巡ぐらいなら一撃で落としてくれます。
甲標的を装備しておくと開幕雷撃ができるので、空母と併用すると開幕から有利に戦えます。雷撃の威力は凄まじいので、艦隊編成や陣形等にうまく気を配れば化ける可能性はありそうです。
なお、相手に潜水艦がいると砲撃戦・夜戦では優先して潜水艦を攻撃するようになります。潜水艦対策としても重宝するので、軽巡などが入れにくい難しい海域で特に活躍できます。

●潜水艦・潜水空母(潜母)
潜水艦・潜水空母は砲撃戦では攻撃しません。開幕雷撃と雷撃戦、夜戦で攻撃できます。
また、砲撃戦での相手の軽巡洋艦や駆逐艦、重雷装巡洋艦の攻撃を引き寄せることができます
逆に戦艦や重巡洋艦、空母系の攻撃は引き寄せることができず、更に攻撃されることはないです。つまり、潜水艦以外を確実に狙ってくるので他艦の被弾率を上げることにもなります。また、雷撃戦では潜水艦は狙われないので、同じく他艦への雷撃被弾率は上昇します。
引き寄せ効果で砲撃を集中して受けやすくなるので旗艦で運用する方が比較的安全か。味方の空母や駆逐艦等を守りながら戦うのが基本になりそうです。
2013/8/26のアップデートにより大幅に弱体化したので、以前に比べると安定した運用が難しくなりました。それでもレベリングやデイリークエストのお供、遠征など使う場面はいろいろとありそうです。

●揚陸艦(揚陸)
揚陸艦は軽空母のようなタイプ。ただし艦攻等は乗せられず、更に基本能力値も低いです。
実戦向けではなく、遠征で使うタイプと思われますが、遠征でも空母系扱いでないので投入しにくい点も痛手。
12/24現在では大型建造で出るあきつ丸しかいないため入手難易度は高めです。